NSK programos metu aktyvuojami šie funkciniai smegenų lygiai:    1. Energetinis – tai energijos tiekimo ir psichinių procesų stato-kinetinės pusiausvyros lygis, kai aktyvuojamos galvos smegenų kamieninės struktūros. Šiame lygyje orientuojamasi į kvėpavimo, relaksacijos ir tonuso reguliavimą, vystoma pusiausvyra, atskiriamos sinkinezės (lydintys judesiai), vystomas kūno visumos suvokimas.

2. Operacinis – tai sensomotorinės sąveikos su aplinka operacinio aprūpinimo lygis, kai stabilizuojama sąveika tarp smegenų pusrutulių, formuojant aplinkos lauką iš regimųjų, lytėjimo, proprioceptinių, girdimųjų ir vestibiuliarinių komponentų. Šiame lygyje įvaldomi pratimai, padedantys vystyti ritmo suvokimo jausmą, perceptines ir atminties galimybes. Taip pat formuojamas aplinkos suvokimas, vikrumas, dėmesys.

3. Kontrolės  – tai valingo reguliavimo ir prasmės sukūrimo lygis. Čia vystoma kaktinė galvos smegenų sritis, atsakinga už dėmesio ir atminties suvokimą, savikontrolę, intelektą, mąstymo procesų vystymą, dėmesio bei atminties sinestezijas ir savireguliaciją.